حوزہ/ رہبرِ معظم کے افکار کا مرکزی ستون ولایتِ فقیہ کا نظریہ ہے، جسے امام خمینیؒ نے عصرِ غیبت میں اسلامی حکومت کی بنیاد قرار دیا۔ ان کے نزدیک اسلام صرف عبادات یا انفرادی اخلاقیات کا مجموعہ نہیں، بلکہ ایک مکمل نظامِ زندگی ہے جو معاشرے کی سیاسی، اجتماعی اور اقتصادی رہنمائی بھی کرتا ہے۔
